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Capital Medical University

高通量测序数据分析

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Overview

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高通量测序技术的飞速发展为生命科学研究带来了前所未有的机遇和挑战。本课程旨在介绍全基因组测序、全外显子组测序、RNA测序等前沿的测序技术、高通量测序数据分析的要点和流程以及高通量测序数据库的应用等。培养学生掌握高通量测序数据分析的基础逻辑与核心技能,使其能够熟练运用生物信息学工具和方法,对测序数据进行处理、分析和解读,挖掘其中蕴含的生物学信息。

课程内容涵盖高通量测序技术原理、数据预处理、质量控制、比对分析、差异表达分析、功能注释等多个环节,结合前沿研究案例,引导学生深入探索高通量测序数据分析在基因组学、转录组学、宏基因组学、ChIP-seq等领域的应用,并通过实际操作生动展示DNA 片段化文库构建、文库与载体交联扩增、获得个体或群体遗传信息,结合统计学上可靠地关联分析,逐步构建完整的遗传变异数据库。培养学生的创新思维和实践能力,为未来从事相关科研工作奠定坚实基础。通过本课程的学习,学生将能够独立完成高通量测序数据分析项目,并在课程结束时进行案例分析结果汇报。




Syllabus

  • 第一章 绪论—高通量测序基础
    • 第一节 DNA测序技术发展史及原理
    • 第二节 二代测序技术的应用
    • 第三节 二代测序实验操作
    • 第一章 习题
  • 第二章 基因组测序
    • 第一节 测序策略选择
    • 第二节 基因组测序变异检测技术
    • 第三节 基因组测序主要文件格式解析
    • 第四节 遗传分析流程
    • 第二章 习题
  • 第三章 基因组测序操作
    • 第一节 DNA测序样本准备
    • 第二节 Panel、全外显子组测序、全基因组测序
    • 第三节 BioNeo-DNAseq分析流程介绍
    • 第三章 习题
  • 第四章 转录组测序
    • 第一节 转录组简介
    • 第二节 RNA测序分类及建库原理
    • 第三节 RNA-seq中的质控
    • 第四节 mRNA-seq数据分析-基本
    • 第四章 习题
  • 第五章 转录组测序操作
    • 第一节 FastQC质控
    • 第二节 Bioneo-RNA软件分析转录组数据
    • 第三节 差异表达水平分析
    • 第四节 通路富集分析与蛋白互作
    • 第五章 习题
  • 第六章 宏基因组测序
    • 第一节 基本概念
    • 第二节 微生物组研究里程碑
    • 第三节 微生物组研究重要关注
    • 第四节 样本采集、运输和保存方法
    • 第五节 微生物组研究的技术和手段
    • 第六章 习题
  • 第七章 ChIP-seq
    • 第一节 ChIP-seq的概念
    • 第一节 资料
    • 第二节 ChIP-seq的过程
    • 第三节 ChIP-seq的应用
    • 第三节 资料
    • 第四节 资料 ChIP-seq的讨论
    • 第五节 实验操作
    • 第七章 习题
  • 第八章 TCGA数据库分析
    • 第一节 TCGA肿瘤数据库网站入门
    • 第二节 TCGA数据库的下载与使用
    • 第三节 TCGA数据下载-sangerbox
    • TCGA 资料
    • 第四节 肿瘤数据库分析研究
    • 第八章 习题
  • 期末测试

    Taught by

    HAIHONG YE, DING Wei, Du Xiaoyan, CHENG SHAN, YILIANG XU, HAN YUYING, CAO LIXUE, GUO MENG, XUEYUN HUO, LV JIANYI, Jing Wang, LI CHANGLONG, and LIU XIN

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