经过长期的教学实践，我们凝练出教学设计的“一二三四”总体架构：“一条主线+两个课程资源库+三个培养环节+四个实施步骤”，即课程以中医的传承和创新为一条主线，遴选中西医结合实例、思政元素两个课程资源库，融入专业知识、实验技能、科研能力培养的三个教学环节，通过课堂讲授、小组讨论、跟师实践、效果评价的四个教学步骤实施完成。具体内容包括以下几个方面
（1）由中西医结合系学科带头人讲解中西医比较与文化差异，其中包括中西医的历史及文化背景，中西医方法论的异同、两种医学理论体系的比较、临床手段和预防措施的比较、医学人文的比较等内容，让研究生对中医和西医两种医学模式有清晰的认识。
（2）由中西医结合临床及临床医学专业中科学研究及临床实践的优秀老师讲授精准医学与辨证论治、中医结合研究的常用方法、中西医结合的临床思维和诊断过程、中医治法治则的研究思路和方法、中药药代动力学研究等课程，提高研究生对中西医结合研究的方法和思路有总体的把握。
（3）由中西医结合临床及临床医学专业中各亚专科的老师结合自己的研究方向，讲授中西医结合在呼吸、心血管、肾脏、内分泌代谢、风湿、神经、肿瘤、消化等领域的研究实例及进展，提高研究生应用中西医结合研究的方法和思路研究各自专业领域的创新能力，并拓展其研究视野。
（4）在中西医结合研究领域有丰富基金申报和论文撰写经验的老师讲授基金申报书及科研论文的撰写经验，进一步提高研究生的中西医结合研究的科研实战水平。
（5）基于课程建设中所讲授内容，系统整理归纳中西医结合研究在各个临床领域的进展及最新的中西医结合研究的思路和方法，编撰高水平适合研究生阶段的《中西医结合研究的思路与方法》教材并出版。
（6）课程教学形式将以工作坊、PBL教学等的形式呈现给学生，课堂上尽可能去激发学生对中西医结合研究的兴趣，培养中西医结合的研究思维。
（7）课程采用形成性评价和终结性评价两种评价形式评价课程效果，形成性评价通过授课中讨论、提问，教师点评反馈学生学习效果；每月课题组seminar，答疑解惑评价学生批判性思维能力；学生跟师门诊评价学生医德医风、爱岗敬业精神。总结性评价主要通过学生德育评价、学位论文评价与就业评价等评价培养德才兼备的优秀创新性人才的育人目标。评价结果注重“立德”与“树人”相统一，理论与实践相统一，提高学生的德育占比，摒弃“唯智育”的片面化育人机制，课程教学改革成效显著。
